พ.ศ. 2539 วิทยาลัยการจัดการก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2539 โดยเป็นหน่วยงานอิสระและดำเนินงานภายใต้กรอบนโยบายและการกำกับของมหาวิทยาลัยมหิดล และเปิดให้มีการเรียนการสอนในหลักสูตรการจัดการมหาบัณฑิต (หลักสูตรนานาชาติ) เป็นหลักสูตรแรก

พ.ศ. 2543 เปิดให้มีการเรียนการสอน หลักสูตรการจัดการมหาบัณฑิต (หลักสูตรไทย) ขึ้น ณ อาคารรัจนาการ ศูนย์สาทร และวิทยาเขตอยุธยา

พ.ศ. 2544 เปิดหลักสูตรการจัดการบัณฑิตที่มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตกาญจนบุรี ตามนโยบายการกระจายการศึกษาไปสู่ชุมชนในต่างจังหวัด

พ.ศ. 2545 จัดตั้ง วิทยาลัยการจัดการ มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตนครสวรรค์ เพื่อเปิดสอนหลักสูตรการจัดการมหาบัณฑิต (หลักสูตรไทย)

พ.ศ. 2549 ย้ายที่ทำการจากศูนย์ไทยพาณิชย์ปาร์คพลาซ่า และศูนย์สาทร มายังอาคารมิว ถนนวิภาวดีรังสิต พร้อมกับเปิดหลักสูตรการจัดการดุษฎีบัณฑิต โดยรับนักศึกษาเข้าศึกษาเป็นรุ่นแรก ในภาคที่ 2 ปีการศึกษา2549

พ.ศ. 2551 ศาสตราจารย์ ดร.ชัยอนันต์ สมุทวณิช ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการวิทยาลัย พร้อมคณะผู้บริหารชุดใหม่

พ.ศ. 2552 เปลี่ยนสถานะเป็นหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยมหิดล ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหิดล ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยมหิดล ครั้งที่ 424 (2/2552)

พ.ศ. 2553 ศาสตราจารย์นายแพทย์ประสิทธิ์ วัฒนาภา ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้รักษาการแทนคณบดี วิทยาลัยการจัดการ เมื่อวันที่ 25 กุมภาพันธ์ 2553 โดยมีการปรับโครงสร้างองค์กรใหม่