เกิดขึ้นจากแนวคิดที่จะดูแลรักษาเอกสารของกองกลาง และเอกสารส่วนบุคคล ของ ศ. นพ. ดร.ณัฐ ภมรประวัติ อดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหิดล
โดยมีคุณวิภา โกยสุโข ผู้อำนวยการหอสมุด และคุณชัยยุทธ บุญญานิตย์ ผู้อำนวยการสำนักงานอธิการบดี เป็นแกนนำในการบุกเบิกงานด้านจดหมายเหตุ
เริ่มจัดทำ "โครงการหอจดหมายเหตุมหาวิทยาลัย" โดยใช้พื้นที่ชั้น 3 ของอาคารหอสมุดฯ
โดยมีวัตถุประสงค์คือ
จุดเปลี่ยนภายใต้การนำของ ศ. นพ.ปิยะสกล สกลสัตยาทร เปลี่ยนโฉมงานจดหมายเหตุด้วย 4 แนวคิดหลัก
"ฝ่ายจดหมายเหตุมหาวิทยาลัย"
เปลี่ยนมาเป็น ฝ่ายจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์" มีคณะกรรมการอำนวยการหอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ฯ ให้การสนับสนุน ส่งเสริมการดำเนินงาน
จัดตั้งคณะกรรมการวิชาการจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ฯ เพื่อกำกับ ดูแล และให้คำปรึกษาแก่ผู้ปฏิบัติงานและเครือข่าย เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนการดำเนินงานให้มีการพัฒนาอย่างจริงจัง ต่อเนื่อง และยั่งยืน
ส่งเสริมการเชื่อมโยงเครือข่ายการดำเนินงานจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ ทั้งในระดับมหาวิทยาลัยและส่วนงานเพื่อให้เป็นไปในทิศทางเดียวกัน