ตำนานวิทยาลัยศาสนศึกษาเป็นเรื่องเกี่ยวกับสตรีสองคนในตระกูลคุณวิศาลผู้มีเจตนารมณ์แน่วแน่ที่จะใช้ทรัพย์สมบัติทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาและทำประโยชน์ให้แก่สังคมไทย เจตนารมณ์นี้เริ่มจากคุณน้ำทอง คุณวิศาล และสืบสานต่อมาจนเป็นรูปธรรมในสมัยที่แพทย์หญิงคุณอรวรรณ คุณวิศาล เป็นประธานมูลนิธิน้ำทอง คุณวิศาล คุณน้ำทอง คุณวิศาลมีอายุยาวนานถึงห้ารัชกาล ท่านเกิดในปี พ.ศ. 2440 ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และถึงแก่กรรมเมื่ออายุ 97 ปี

ในปี พ.ศ. 2537 ในรัชกาลปัจจุบัน หลังจบมัธยมศึกษาตอนปลายจากโรงเรียนเสาวภา ที่คุณน้ำทอง คุณวิศาลได้รับราชการเป็นครูที่โรงเรียนนั้นและต่อมาที่โรงเรียนสตรีประจำจังหวัดราชบุรี และโรงเรียนการเรือนพระนคร หลังจากนั้นลาออกมาประกอบอาชีพธุรกิจการค้าที่ดินในปี พ.ศ.2485 ซึ่งประสบความสำเร็จอย่างยิ่ง คุณน้ำทองเป็นเอตทัคคะในการครองตน ครองคน และครองทรัพย์สมบัติ นอกจากเป็นผู้สามารถควบคุมตัวเองได้เป็นอย่างดี ท่านยังให้ความอุปการะแก่เครือญาติและผู้อาศัยที่ดินของท่านทำมาหากินอย่างสม่ำเสมออีกด้วย พร้อมทั้งช่วยเหลืองานของพระพุทธศาสนา งานสังคมสงเคราะห์และงานสาธารณะประโยชน์ต่างๆ มาโดยตลอดด้วยความเชื่อว่า ทรัพย์สมบัติต่างๆที่ท่านมีอยู่นั้นไม่ได้ได้มาเพราะความสามารถส่วนตัวเท่านั้น แต่เพราะได้รับความช่วยเหลือจากบุคคลต่างๆ และจากบุญกุศลที่ท่านได้ทำด้วย ก่อนถึงแก่กรรม คุณน้ำทอง คุณวิศาลได้ตั้งมูลนิธิน้ำทอง คุณวิศาลขึ้นมาเพื่อทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาและทำประโยชน์ต่างๆ ให้แก่สังคมไทย

แพทย์หญิงคุณอรวรรณ คุณวิศาล หลานสาวคนโตได้สืบสานเจตนารมณ์ของท่านตลอดเวลาที่เป็นประธานมูลนิธิ ด้วยการทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาและการทำงานสาธารณะประโยชน์ในหลายรูปแบบ รวมทั้งการให้ความช่วยเหลือแก่โรงพยาบาล การก่อสร้างอาคารเรียนในสถาบันการศึกษา การสร้างบ้านพักและสถานที่ฝึกอาชีพสำหรับเด็กหญิงที่ด้อยโอกาส และการช่วยเหลือคนชราให้มีคุณภาพชีวิตดีขึ้น นอกจากนั้น ท่านยังมีสายตาไกลมองเห็นความสำคัญของการให้การศึกษาสมัยใหม่แก่พระสงฆ์ และการให้พระสงฆ์ต่างนิกายได้มาศึกษาในสถานศึกษาเดียวกัน สิ่งนี้เป็นแรงจูงใจให้มีการจัดตั้งวิทยาลัยศาสนศึกษาขึ้นมาในมหาวิทยาลัยมหิดลอย่างเป็นทางการในปีพ.ศ. 2542 ในสมัยที่ศาสตราจารย์นายแพทย์อรรถสิทธิ์ เวชชาชีวะ เป็นอธิการบดี