พ.ศ.2545 ปณิธาน มหาวิทายาลัยสมบูรณ์แบบ มุ่งความรู้ คู่คุณธรรม

พ.ศ.2545 วิสัยทัศน์ มหาวิทยาลัยมหิดล เป็นสถาบันการศึกษาชั้นนำ มีมาตรฐานสากล เน้นการวิจัย การศึกษา บริการวิชาการ และเป็นศูนย์เครือข่ายการเรียนรู้เพื่อคุณภาพแห่งชีวิตและสังคม

พ.ศ.2548 วิสัยทัศน์ มหาวิทยาลัยมหิดลเป็นสถาบันการศึกษาและวิจัยชั้นเลิศ เป็นผู้นำในการสร้างสุขภาวะแก่สังคม

พ.ศ.2549 วิสัยทัศน์ สถาบันการศึกษาและวิจัยชั้นเลิศ เป็นผู้นำในการสร้างสุขภาวะแก่สังคม

        ช่วง พ.ศ. 2542 – 2546 ยังไม่ปรากฏแผนยุทธศาสตร์ของทางมหาวิทยาลัย โดยทางมหาวิทยาลัยมีการกำหนดทิศทางการพัฒนามหาวิทยาลัย เพื่อเป็นแนวทางในการดำเนินงานภายในมหาวิทยาลัยร่วมกัน ทั้งในด้านการศึกษา การวิจัย วิเทศสัมพันธ์ การบริการวิชาการแก่สังคม กิจกรรมนักศึกษา การพัฒนาเทคโนโลยีและสารสนเทศ การทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม การกีฬา และสิ่งแวดล้อม

        กระทั่งใน พ.ศ. 2546 มหาวิทยาลัยมหิดลได้แต่งตั้งคณะกรรมการพัฒนาทิศทางของมหาวิทยาลัย เพื่อทำหน้าที่ศึกษาและพัฒนาทิศทางของมหาวิทยาลัย โดยมีกรรมการสภามหาวิทยาลัยจากผู้ทรงคุณวุฒิเป็นที่ปรึกษา โดยในระยะแรกคณะกรรมการได้เสนอยุทธศาสตร์การพัฒนามหาวิทยาลัยทั้งหมด 5 ประเด็นคือ

1. มหาวิทยาลัยเป็นผู้นำในการสร้างสุขภาวะของสังคม

2. มหาวิทยาลัยมหิดลเป็นผู้นำด้านบัณฑิตศึกษา

3. ส่งเสริมการปฏิรูปการเรียนรู้

4. วิจัยบูรณาการเชิงพื้นที่เพื่อแก้ปัญหาความยากจน

5. การพัฒนายกระดับมาตฐานความปลอดภัยด้านอาหาร เวชภัณฑ์ และสิ่งแวดล้อม

        โดยในปีงบประมาณ 2546 นำเสนอนโยบายและแผนงานตามยุทธศาสตร์ต่อที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย 2 ยุทธศาสตร์ คือ มหาวิทยาลัยเป็นผู้นำในการสร้างสุขภาวะของสังคม และมหาวิทยาลัยมหิดลเป็นผู้นำด้านบัณฑิตศึกษา

        ต่อมาในปี พ.ศ. 2547 มหาวิทยาลัยยังคงดำเนินการอย่างต่อเนื่อง โดยได้นำเสนอแผนงานนโยบายการพัฒนาในด้านต่างๆ ต่อที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย 3 ประเด็น คือ มหาวิทยาลัยเป็นผู้นำในการสร้างสุขภาวะของสังคม และมหาวิทยาลัยมหิดลเป็นผู้นำด้านบัณฑิตศึกษา และส่งเสริมการปฏิรูปการเรียนรู้ โดยกรรมการสภามหาวิทยาลัย และผู้ทรงคุณวุฒิ เสนอให้มหาวิทยาลัยนำเรื่องต่างๆ อาทิ ความก้าวหน้า กลยุทธ์ที่สำคัญ หรือนโยบายเสนอต่อที่ประชุมสภา และขอให้คณบดี/ผู้อำนวยการ ที่เพิ่งได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเข้ามาเสนอแนวคิดในการกำหนดนโยบายที่สำคัญ และแนวคิดการบริหารจัดการ เพื่อที่คณะกรรมการสภามหาวิทยาลัยจะได้รับฟังข้อคิดเห็นตลอดจนให้แนวคิดที่ผู้บริหารสามารถนำไปดำเนินการในส่วนที่เกี่ยวข้องต่อไป

สำหรับในช่วงปี พ.ศ. 2548 – 2550 มหาวิทยาลัยมหิดลได้ดำเนินการจัดทำแผนยุทธศาสตร์มหาวิทยาลัยมหิดล (พ.ศ. 2549 – 2554) เพื่อเป็นแนวทางในการดำเนินงานและพัฒนามหาวิทยาลัยที่สอดคล้องกับแผนบริหารราชการแผ่นดิน โดยมหาวิทยาลัยได้แต่งตั้งคณะกรรมการ 3 ชุด ดังนี้

1. คณะกรรมการกำหนดนโยบายการจัดทำแผนยุทธศาสตร์มหาวิทยาลัยมหิดล (พ.ศ. 2549 – 2554) ประกอบด้วย กรรมการสภามหาวิทยาลัยผู้ทรงคุณวุฒิ อธิการบดี รองอธิการบดี คณบดี ผู้อำนวยการ สถาบัน/สำนัก/ศูนย์/โครงการ/กอง

2. คณะวิทยากรกระบวนการจัดทำแผนยุทธศาสตร์มหาวิทยาลัย (พ.ศ. 2549 – 2554) ประกอบด้วย คณาจารย์ที่เป็นผู้เชี่ยวชาญในการจัดทำแผนยุทธศาสตร์

3. คณะทำงานจัดทำแผนยุทธศาสตร์มหาวิทยาลัยมหิดล (พ.ศ. 2549 – 2554) ประกอบด้วย คณะผู้แทนทุกหน่วยงานในสังกัดมหาวิทยาลัยมหิดล

         เพื่อดำเนินการจัดทำแผนยุทธศาสตร์มหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ. 2549 – 2554 อย่างไรก็ตามในช่วง พ.ศ. 2548 – 2550 สมัยท่านอธิการบดีศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์ ดร.พรชัย มาตังคสมบัติ จัดอยู่ในช่วงการกำหนดยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัยมหิดล