วันที่ ๒๔ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๒๐ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ศาสตราจารย์ ดร.สัญญา ธรรมศักดิ์ ประธานองคมนตรี เป็นผู้แทนพระองค์ประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์อาคารอำนวยการ มหาวิทยาลัยมหิดล ณ ศาลายา ภายหลังจากนั้นทางมหาวิทยาลัยได้สร้างอาคารอื่น ๆ ตามมา ประกอบด้วย อาคารเรียนวิทยาศาสตร์ อาคารเรียนสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ คณะสิ่งแวดล้อมและทรัพยากรศาสตร์ สถาบันวิจัยประชากรและสังคม สถาบันวิจัยโภชนาการ สถาบันวิจัยภาษาและวัฒนธรรมเพื่อพัฒนาชนบท ศูนย์สัตว์ทดลองแห่งชาติ อาคารพลศึกษา หอพักนักศึกษา หอพักอาจารย์ อาคารกิจกรรมกลางและโรงอาหาร อาคารหอสมุด สนามกีฬากลางแจ้ง และระบบสาธารณูปโภคต่าง ๆ ต่อมามหาวิทยาลัยมหิดลศาลายาจึงเริ่มรับนักศึกษาชั้นปีที่ ๑ ประจำปีการศึกษา ๒๕๒๕ จำนวน ๑,๐๐๐ คน เข้าเรียนและพักอาศัยภายในหอพักนักศึกษา นับเป็นนักศึกษารุ่นแรกที่ได้เข้ามาศึกษา ณ มหาวิทยาลัยมหิดลศาลายา กระทั่งเมื่อวันที่ ๒๓ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๒๖ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินมาทรงเปิดมหาวิทยาลัยมหิดลศาลายาอย่างเป็นทางการ ปัจจุบันในมหาวิทยาลัยมหิดล ณ ศาลายา ประกอบด้วยหน่วยงาน ๒๘ หน่วยงาน

(ข้อมูล ณ มีนาคม ๒๕๕๙)

“มหาวิทยาลัยมหิดล” ดำเนินกิจการมากว่า ๑๐๐ ปี มอบวิชาความรู้และให้บริการทางการแพทย์ต่อสังคมมาตั้งแต่ยุคโรงศิริราชพยาบาล จนกระทั่งกลายมาเป็น หาวิทยาลัยมหิดล ปัจจุบันมหาวิทยาลัยมหิดลเป็นทั้งสถานศึกษาที่ผลิตบัณฑิต งานวิจัยต่าง ๆ และเป็นโรงพยาบาลที่ให้บริการแก่สังคม ซึ่งมหาวิทยาลัยพัฒนาและปรับปรุงสิ่งเหล่านี้อย่างไม่หยุดยั้ง เพื่อให้สมดั่ง พระบรมราโชวาทของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวที่มีแก่คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยเข้าเฝ้าทูลละอองธุลีพระบาท ครั้งพระองค์ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระนามาภิไธยของสมเด็จพระบรมชนกนาถให้เป็นนามของมหาวิทยาลัยเมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๒ ความว่า

“...ให้พัฒนามหาวิทยาลัยมหิดลเป็นมหาวิทยาลัยที่สมบูรณ์ตามความหมายและเพิ่มเติมขอบเขตของวิชาการให้กว้างขวางออกไปจากวิชาแพทยศาสตร์อีกด้วย...”