ภายหลังจากงานพระราชทานเพลิงพระศพสมเด็จพระบรมราชชนกเสร็จสิ้นแล้ว สมเด็จ- พระศรีนครินทราบรมราชชนนี ซึ่งขณะนั้นยังเป็น หม่อมสังวาลย์ มหิดล ณ อยุธยา แจ้งเสนาบดีกระทรวง ธรรมการว่า สมเด็จเจ้าฟ้ากรมหลวงสงขลานครินทร์ทรงมีลายพระหัตถ์พินัยกรรม ที่จะพระราชทานเงิน เพื่อบำรุงวิชาแพทย์และพยาบาล ให้กับจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นจำนวน 500,000 บาท โดย พระคลังข้างที่เป็นผู้เบิกจ่ายให้ครบจำนวนในระยะเวลา 25 ปี โดยจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเป็นผู้ประสาน- งานเกี่ยวกับเงินทุนนี้ ซึ่งเรียกกันว่า "ทุนพระมรดกสมเด็จเจ้าฟ้ากรมหลวงสงขลาฯ สำหรับบำรุงรักษา พยาบาลและการศึกษาวิชาแพทย์และการสุขาภิบาล" และเมื่อตั้งมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์แล้ว จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยจึงได้โอนเงินทั้งหมดให้กับมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์- ศิริราชพยาบาลได้บริหารจัดการเงินทุนอย่างประหยัดตามพระนิยมของสมเด็จพระบรมราชชนก คือ จับจ่ายอย่างประหยัด ใช้เฉพาะเท่าที่มีความจำเป็น และเลือกทางที่จะได้ประโยชน์มากที่สุด โดยพิจารณา ทุนตามความจำเป็น ในช่วงแรกจึงจ่ายเป็นเงินช่วยเหลือสำหรับเครื่องแต่งกาย ค่าตำรา ไม่ได้จ่ายเป็น เงินทุนการศึกษาทั้งหมด

ในการดำเนินการเพื่อพระราชทานเงิน 500,000 บาท นั้น สมเด็จพระบรมราชชนนีมีรับสั่ง ถึงการดำเนินการในช่วงต้นของการพระราชทานทุนตามพระราชพินัยกรรมว่า ในขณะนั้นไม่มีเงินสด ทรงลำบากมากเพราะต้องใช้เวลารวบรวมให้ครบจำนวนนานถึง 2 ปี หลังจากสมเด็จพระบรมราชชนก สวรรคต โดยมีรับสั่งว่า "…ฉันต้องบอกให้รู้ว่าฉันลำบากมาก…" ทั้งนี้ก็เพื่อสนองพระปณิธานใน สมเด็จพระบรมราชชนกในการให้ทุนสำหรับการศึกษาด้านการแพทย์และสาธารณสุขยังต่างประเทศ

ต้นกันภัยมหิดล

เมื่อวันที่ 19 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542 สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ พระราชทาน พระวินิจฉัยให้ ต้นกันภัยมหิดล เป็นต้นไม้สัญลักษณ์ ประจำมหาวิทยาลัยมหิดล ในโอกาสเฉลิมฉลอง วาระ 30 ปี แห่งการพระราชทานนามมหาวิทยาลัย- มหิดล ในวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ. 2542 โดยประทาน พระวินิจฉัยว่า ต้นกันภัยมหิดล เป็นชื่อที่ดี และมี ความหมายดี กันภัย เป็นนามมงคล สื่อถึงการป้องกัน ภยันตรายให้แก่ชาวมหาวิทยาลัยมหิดล และชื่อ ของต้นกันภัยมหิดลนั้น ตั้งขึ้นเพื่อเฉลิมพระเกียรติ สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี และมีนาม พ้องกับชื่อของมหาวิทยาลัยมหิดล

สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์

พื้นที่ศาลายา

หลังจากที่มหาวิทยาลัยมหิดลมีการจัดตั้งคณะต่าง ๆ ขึ้นในพื้นที่จำกัด ผู้บริหารมหาวิทยาลัยจึงต้องการ ขยายพื้นที่ทางการศึกษาที่ไม่ไกลจากกรุงเทพมหานครมาก และได้พบว่ามีพื้นที่ในตำบลศาลายาของสำนักงานทรัพย์สิน ส่วนพระมหากษัตริย์ ซึ่งจะขายในราคาไร่ละ 30,000 บาท จึงได้เสนอต่อคณะกรรมการส่งเสริมมหาวิทยาลัยมหิดล และ สมเด็จพระบรมราชชนนีซึ่งทรงเป็นประธานของคณะกรรมการนั้น โปรดเกล้าฯ ให้มีการประชุมคณะกรรมการฯ เป็น ครั้งแรก ณ วังสระปทุม โดยมีหม่อมทวีวงศ์ถวัลย์ศักดิ์ (ม.ร.ว.เฉลิมลาภ ทวีวงศ์) ผู้อำนวยการสำนักงานทรัพย์สินส่วน พระมหากษัตริย์ในขณะนั้น เข้าร่วมการประชุมด้วย ในวาระการประชุมเรื่องที่ดินศาลายานั้น สมเด็จพระบรมราชชนนี ได้ทรงใช้พระหัตถ์โอบที่ไหล่ของหม่อมทวีวงศ์ถวัลย์ศักดิ์ และทรงต่อราคาจนเหลือ ไร่ละ 10,000 บาท แต่หม่อมทวีวงศ์- ถวัลย์ศักดิ์กราบทูลว่าต้องนำเรื่องเสนอคณะกรรมการทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์และขอพระราชทานพระบรมราชานุญาต ด้วย ซึ่งรับสั่งตอบว่า "เรื่องนี้ไม่เป็นไร หมอชัชวาลคงจัดการให้เป็นที่เรียบร้อย" ซึ่งถือว่ามหาวิทยาลัยมหิดลได้รับ พระมหากรุณาธิคุณในการลดราคาที่ดินไปได้เป็นจำนวนมาก

ม.มหิดลถวายปริญญา

ในปี พ.ศ. 2536 กระทรวงสาธารณสุขขอพระราชทานชื่อใหม่ให้กับ วิทยาลัยพยาบาลทั่วประเทศ ให้เป็นชื่อเดียวกัน โดยพระราชทาน ชื่อว่า "วิทยาลัยพยาบาลบรมราชชนนี" ตามด้วยชื่อจังหวัดที่ตั้งของ วิทยาลัยนั้น และพระราชทานตราพระนามาภิไธยย่อ "สว" เป็นตรา สัญลักษณ์ประจำวิทยาลัยพยาบาลด้วย ทั้งนี้มีวิทยาลัยพยาบาลที่ได้ รับการพระราชทานชื่อก่อนหน้านี้แล้ว 3 แห่ง คือ วิทยาลัยพยาบาล- พระปกเกล้า จันทบุรี วิทยาลัยพยาบาลศรีมหาสารคาม และวิทยาลัย- พยาบาลพระจอมเกล้า เพชรบุรี ให้คงใช้ชื่อที่เคยพระราชทานไว้แล้ว ดังเดิม