ทุนพระมรดกสมเด็จเจ้าฟ้ากรมหลวงสงขลาฯ
ภายหลังจากงานพระราชทานเพลิงพระศพสมเด็จพระบรมราชชนกเสร็จสิ้นแล้ว สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี ซึ่งขณะนั้นยังเป็น หม่อมสังวาลย์ มหิดล ณ อยุธยา แจ้งเสนาบดีกระทรวงธรรมการว่า สมเด็จเจ้าฟ้ากรมหลวงสงขลานครินทร์ทรงมีลายพระหัตถ์พินัยกรรม ที่จะพระราชทานเงินเพื่อบำรุงวิชาแพทย์และพยาบาล ให้กับจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นจำนวน 500,000 บาท โดยพระคลังข้างที่เป็นผู้เบิกจ่ายให้ครบจำนวนในระยะเวลา 25 ปี โดยจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเป็นผู้ประสานงานเกี่ยวกับเงินทุนนี้ ซึ่งเรียกกันว่า “ทุนพระมรดกสมเด็จเจ้าฟ้ากรมหลวงสงขลาฯ สำหรับบำรุงรักษาพยาบาลและการศึกษาวิชาแพทย์และการสุขาภิบาล” และเมื่อตั้งมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์แล้ว จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยจึงได้โอนเงินทั้งหมดให้กับมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลได้บริหารจัดการเงินทุนอย่างประหยัดตามพระนิยมของสมเด็จพระบรมราชชนก คือ จับจ่ายอย่างประหยัด ใช้เฉพาะเท่าที่มีความจำเป็น และเลือกทางที่จะได้ประโยชน์มากที่สุด โดยพิจารณาทุนตามความจำเป็น ในช่วงแรกจึงจ่ายเป็นเงินช่วยเหลือสำหรับเครื่องแต่งกาย ค่าตำรา ไม่ได้จ่ายเป็นเงินทุนการศึกษาทั้งหมด
ในการดำเนินการเพื่อพระราชทานเงิน 500,000 บาท นั้น สมเด็จพระบรมราชชนนีมีรับสั่งถึงการดำเนินการในช่วงต้นของการพระราชทานทุนตามพระราชพินัยกรรมว่า ในขณะนั้นไม่มีเงินสด ทรงลำบากมากเพราะต้องใช้เวลารวบรวมให้ครบจำนวนนานถึง 2 ปี หลังจากสมเด็จพระบรมราชชนกสวรรคต โดยมีรับสั่งว่า “…ฉันต้องบอกให้รู้ว่าฉันลำบากมาก…” ทั้งนี้ก็เพื่อสนองพระปณิธานในสมเด็จพระบรมราชชนกในการให้ทุนสำหรับการศึกษาด้านการแพทย์และสาธารณสุขยังต่างประเทศ
มหาวิทยาลัยมหิดล
สีประจำมหาวิทยาลัยมหิดล
เมื่อมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ได้รับพระราชทานนามใหม่เป็นมหาวิทยาลัยมหิดลแล้ว มหาวิทยาลัยได้ทูลเชิญสมเด็จพระบรมราชชนนีให้ทรงเป็นองค์ประธานคณะกรรมการส่งเสริมมหาวิทยาลัยมหิดล เมื่อทรงตอบรับคำเชิญ และได้พระราชทาน สีน้ำเงินเข้ม อันเป็นสีของวันศุกร์ซึ่งเป็นวันพระราชสมภพของสมเด็จพระบรมราชชนก ให้เป็นสีประจำมหาวิทยาลัย
พื้นที่ศาลายา
หลังจากที่มหาวิทยาลัยมหิดลมีการจัดตั้งคณะต่าง ๆ ขึ้นในพื้นที่จำกัด ผู้บริหารมหาวิทยาลัยจึงต้องการขยายพื้นที่ทางการศึกษาที่ไม่ไกลจากกรุงเทพมหานครมาก และได้พบว่ามีพื้นที่ในตำบลศาลายาของสำนักงานทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ ซึ่งจะขายในราคาไร่ละ 30,000 บาท จึงได้เสนอต่อคณะกรรมการส่งเสริมมหาวิทยาลัยมหิดล และสมเด็จพระบรมราชชนนีซึ่งทรงเป็นประธานของคณะกรรมการนั้น โปรดเกล้าฯ ให้มีการประชุมคณะกรรมการฯ เป็นครั้งแรก ณ วังสระปทุม โดยมีหม่อมทวีวงศ์ถวัลย์ศักดิ์ (ม.ร.ว.เฉลิมลาภ ทวีวงศ์) ผู้อำนวยการสำนักงานทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ในขณะนั้น เข้าร่วมการประชุมด้วย ในวาระการประชุมเรื่องที่ดินศาลายานั้น สมเด็จพระบรมราชชนนีได้ทรงใช้พระหัตถ์โอบที่ไหล่ของหม่อมทวีวงศ์ถวัลย์ศักดิ์ และทรงต่อราคาจนเหลือ ไร่ละ 10,000 บาท แต่หม่อมทวีวงศ์ถวัลย์ศักดิ์กราบทูลว่าต้องนำเรื่องเสนอคณะกรรมการทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์และขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตด้วย ซึ่งรับสั่งตอบว่า “เรื่องนี้ไม่เป็นไร หมอชัชวาลคงจัดการให้เป็นที่เรียบร้อย” ซึ่งถือว่ามหาวิทยาลัยมหิดลได้รับพระมหากรุณาธิคุณในการลดราคาที่ดินไปได้เป็นจำนวนมาก
ต้นกันภัยมหิดล
เมื่อวันที่ 19 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542 สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ พระราชทานพระวินิจฉัยให้ ต้นกันภัยมหิดล เป็นต้นไม้สัญลักษณ์ประจำมหาวิทยาลัยมหิดล ในโอกาสเฉลิมฉลองวาระ 30 ปี แห่งการพระราชทานนามมหาวิทยาลัยมหิดล ในวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ. 2542 โดยประทานพระวินิจฉัยว่า ต้นกันภัยมหิดล เป็นชื่อที่ดีและมีความหมายดี กันภัย เป็นนามมงคล สื่อถึงการป้องกันภยันตรายให้แก่ชาวมหาวิทยาลัยมหิดล และชื่อของต้นกันภัยมหิดลนั้น ตั้งขึ้นเพื่อเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี และมีนามพ้องกับชื่อของมหาวิทยาลัยมหิดล
ม.มหิดลถวายปริญญา
มหาวิทยาลัยมหิดลน้อมสำนึกในพระกรุณาธิคุณที่พระราชทานให้แก่มหาวิทยาลัย รวมถึงการทรงงานทางด้านสาธารณสุขต่อประเทศไทยเป็นที่ประจักษ์ จึงได้ทูลเกล้าทูลกระหม่อมถวายปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ แด่สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีทั้งสิ้น 3 วาระ คือ พ.ศ. 2503 วิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (พยาบาล) พ.ศ. 2527 สาธารณสุขศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ และ พ.ศ. 2531 ทันตแพทยศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ โดยมีคำประกาศราชสดุดีเฉลิมพระเกียรติคุณดังต่อไปนี้