ในระยะแรกที่มหาวิทยาลัยมหิดลเข้ามาบุกเบิกและก่อสร้างอาคารต่าง ๆ ในพื้นที่ศาลายา มักปรากฎเหตุการณ์เหนือธรรมชาติ และเรื่องที่ไม่ค่อยเป็นมงคลขึ้นหลายครั้ง ทำให้เกิดการสูญเสียชีวิตและทรัพย์สินไปอย่างหาสาเหตุไม่ได้ เมื่อครั้ง ศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์อวย เกตุสิงห์ ได้ทราบเรื่องที่มีนักศึกษาถูกผีมาหลอกหลอนอยู่บ่อยครั้ง และมีผีเข้าสิงนักศึกษาที่หอพักด้วย ประกอบกับในขณะนั้นยังไม่มีสิ่งศักดิ์สิทธิ์สำหรับสักการะและบำรุงจิตใจของนักศึกษา ในวันที่ 28 มิถุนายน 2531 ท่านจึงได้มอบพระพุทธรูปหินทราย ปางมารวิชัย ขนาดหน้าตัก 1.30 เมตร สูง 1.85 เมตร ประดิษฐานไว้หน้าหอ 3 – 4 เพื่อเป็นศูนย์รวมจิตใจและประฏิบัติศาสนกิจของนักศึกษา อาจารย์ และบุคลากร ในช่วงแรกที่ยังไม่มีการตั้งชื่อพระพุทธรูปนั้น ได้มีการออกนามพระพุทธรูปองค์นี้อย่างลำลองว่า “หลวงพ่ออวย” ตามนามของอ.อวยผู้มอบพระพุทธรูปให้ หลังจากนั้น พระเทพเวที (ป. อ. ปยุตฺโต) ซึ่งปัจจุบันดำรงสมณศักดิ์ที่สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ ได้เมตตาตั้งชื่อพระพุทธรูปองค์นี้ว่า “พระพุทธมหิดลมงคลวรญาณ” ต่อมาในปี พ.ศ. 2546 มหาวิทยาลัยได้สร้างศาลาแบบไทยประยุกต์เพื่อประดิษฐานพระพุทธรูปดังที่เห็นในปัจจุบัน
ต่อมาเมื่อศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์พูนพิศ อมาตยกุล ได้มาปฏิบัติหน้าที่ในพื้นที่ศาลายา ก็ได้ประสบกับเรื่องลี้ลับหลายครั้ง จึงได้ไปเรียนปรึกษาพระสงฆ์รูปหนึ่งที่อาจารย์หมอนับถือ ท่านได้สอนว่า “เมื่อย้ายไปทำงานที่ใด ประเพณีไทยต้องเซ่นไหว้พระภูมิเจ้าที่เสียก่อน เมื่อบอกกล่าวเล่าแจ้งแล้ว หากมีปัญหาจะได้ช่วยเหลือเรา และควรทำบุญกรวดน้ำอุทิศให้ท่านเป็นครั้งคราวด้วย” และท่านยังแนะนำให้เชิญพระบรมรูป ร.5 มาติดตั้งก่อน แล้วท่านจะเดินทางมายังศาลายาเพื่อทำพิธีให้ แต่หลังจากอาจารย์ท่านได้ติดตั้งพระบรมรูปที่เรือนไทยแล้ว ไม่นานนักพระสงฆ์รูปนั้นก็มรณะภาพไปเสียก่อนจะได้มาทำพิธีให้ อาจารย์หมอท่านก็เลยไม่ได้ติดตามเรื่องผีในศาลายาอีก จนกระทั่งท่านได้ข่าวว่ามีคนงานก่อสร้างไหลตายบ้าง โดนฟ้าผ่าตายบ้าง จึงได้คิดว่าน่าจะมี อะไรสักอย่าง ไม่ชอบมาพากล และคิดไปถึงเรื่องจิตวิญญาณในพื้นที่ศาลายาอีกหน
จากนั้นไม่นาน อาจารย์หมอได้พบกับผู้หญิงคนหนึ่ง ซึ่งเป็นร่างทรงที่สามารถสื่อสารกับวิญญาณได้ และได้ลองให้ติดต่อกับจิตวิญญาณในศาลายา เบื้องต้นได้ความว่าในพื้นที่นี้มีคนตายทับถมกันมาก แต่ไม่ค่อยมีคนทำบุญไปให้ เพราะคนรุ่นใหม่ส่วนใหญ่จะทำบุญอุทิศให้กับ พ่อแม่ ญาติพี่น้อง ครูอาจารย์ จิตวิญญาณเหล่านั้นเลยไม่ได้รับส่วนบุญด้วย อาจารย์หมอเลยเชิญให้หญิงร่างทรงคนดังกล่าวเข้ามาที่ศาลายา เพื่อติดต่อกับจิตวิญาณในพื้นที่ ก็ปรากฎเหตุต่าง ๆ ให้เป็นอุปสรรคขัดขวางการดำเนินการ เช่นรถยนต์ที่ใช้เดินทางเกิดเสียกลางทาง เป็นต้น แต่เมื่อร่างทรงได้อธิฐานว่าจะมาประกอบการดี เหตุการณ์จึงคลี่คลายไป และเมื่อเริ่มประกอบพิธีแล้ว ได้มีการสอบถามกับดวงวิญญาณผ่านร่างทรงได้ความว่า “ผู้คนที่เข้ามาในยุคนั้น ขาดความเคารพยำเกรงในสิ่งศักดิ์สิทธิ์” “ไม่มีการบวงสรวงบอกกล่าว” “ทำบุญแล้วก็ไม่มีการอุทิศส่วนกุศลให้เจ้าที่เจ้าทาง” “หากปล่อยให้วิญญาณเหล่านี้อดอยาก ไมได้รับกุศลแล้ว ท่านก็จะดลบันดาลให้เกิดเหตุให้มีผู้คนล้มตายในการก่อสร้างอาคารใหญ่ทุกครั้ง จะเกิดอุบัติเหตุนานาประการตามมา” แต่ถ้าจัดการตามที่ร่างทรงแจ้งจะแก้ไขได้ คือ
และท่านได้บอกนามของท่านว่า “เจ้าพ่อขุนทุ่ง” โดยมีลักษณะตามคำบอกเล่าของร่างทรงคือ เป็นชายร่างใหญ่ หวีผมแสกกลางท่าทางนักเลง นุ่งโสร่งตาหมากรุก ใส่เสื้อคอกลมไว้หนวด ดังที่ปรากฎเป็นรูปปั้นที่เราเห็นในศาลหลังปัจุบัน ก็ถูกปั้นตามคำบอกเล่านี้ โดยอาจารย์ผดุงศักดิ์ ศิลากรณ์ จากโรงเรียนเวชนิทัศน์ ศิริราช เป็นผู้ปั้น และมีการอัญเชิญไปประดิษฐาน ณ ศาลเจ้าขุนทุ่ง ในวันที่ 12 พฤศจิกายน พ.ศ. 2534 เมื่อเสร็จสิ้นพิธีแล้วเจ้าพ่อขุนทุ่งได้บอกผ่านร่างทรงว่า “…ชอบถูกใจกูดี …รูปที่เอ็งปั้นมานี้ เหมือนตัวกูมากเลย …”
เมื่อได้กระทำพิธีตั้งศาลเจ้าขุนทุ่งแล้ว ได้มีการกำหนดสถานที่ตั้งโบสถ์น้อยที่สนามหญ้าหน้าสถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน และเมื่อสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงทราบความเป็นมาเป็นไปในมหาวิทยาลัยมหิดลศาลายาในขณะนั้นแล้ว จึงทรงพระกรุณาพระราชทานพระพุทธรูปส่วนพระองค์ นามว่า “พระพุทธมหาลาภ” ให้เป็นพระพุทธรูปประจำมหาวิทยาลัย เพื่อให้เป็นสวัสดิมงคล บังเกิดความเจริญสถาพรแก่มหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา ปัจจุบันประดิษฐานอยู่ที่อาคารสำนักงานอธิการบดี
เป็นที่น่าสังเกตว่า เมื่อได้กระทำตามที่ “เจ้าพ่อขุนทุ่ง” บอกแล้ว เหตุการณ์ผิดปกติต่างๆ ได้ทุเลาเบาบางลงไป ทั้งมหาวิทยาลัยก้เจริญรุ่งเรืองขึ้นตามลำดับ ขาดแต่เพียงประการเดียวที่ยังไม่ได้ปฏิบัติ คือ
“ยังมิได้มีการสร้างโบสถ์น้อยเพื่อประดิษฐานพระพุทธรูปหรือพระบรมรูปให้คนได้เห็นกัน”
กระทั่งปี พ.ศ. 2563 ในวโรกาสที่สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงเจริญพระชนมายุครบ 65 พรรษา มหาวิทยาลัยมหิดลจึงได้ขอพระราชทานพระราชานุญาตสร้างพระพุทธรูปและหอพระ เพื่อถวายเป็นพระราชกุศล และยังทรงพระกรุณาพระราชทานนามพระว่า “พระพุทธมหิดลมงคลปัญญาญาณ” และหอพระนามว่า “หอพระพุทธมหาสิริพีรยพัฒน์” ซึ่งนาม “พระพุทธมหิดลมงคลปัญญาญาณ” ได้พระราชทานคำแปลไว้ว่า “พระพุทธรูปที่นำมาซึ่งปัญญาหยั่งรู้อันกระจ่างแจ้งและเป็นมงคลแห่งมหาวิทยาลัยมหิดล” โดยหอพระดังกล่าวกำลังก่อสร้างอยู่ ณ สนามหญ้าหน้าสถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน ซึ่งเป็นบริเวณที่เคยกำหนดไว้สำหรับสร้างโบสถ์น้อย ตามความต้องการของสิ่งศักดิ์สิทธิ์ด้วยพอดี
และยังมีอีกสถานที่หนึ่งคือ ศาลพระภูมิ บริเวณเรือนไทยมหิดล (อาคารระเบียบ คุณะเกษม) สถาบันวิจัยภาษาและวัฒนธรรมเอเชีย เป็นศาลที่ตั้งขึ้นมาในระยะเดียวกับศาลพ่อขุนทุ่ง เนื่องด้วยบริเวณของมหาวิทยาลัยมหิดลศาลายาแต่เก่าก่อนนั้นเป็นที่นา และมีชุมชนของผู้ที่มาทำนาอาศัยอยู่ แต่ละครอบครัวก็มีศาลพระภูมิเจ้าที่ เทวดาอารักษ์ต่าง ๆ เป็นที่ยึดเหนี่ยวจิตใจของครอบครัว
เมื่อมหาวิทยาลัยได้เข้ามาใช้ประโยชน์ในพื้นที่นี้ ทำให้ชาวบ้านต้องย้ายถิ่นฐานออกไปพร้อมกับถอดศาลและสิ่งศักดิ์สิทธิ์ไปด้วย แต่ก็ยังมีชาวบ้านบางส่วนที่ยังยึดมั่นศรัทธาในสิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่ครอบครัวตนนับถือมาแต่เก่าก่อน ได้เข้ามาสักการะสิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่นับถือในพื้นที่เดิมอยู่เนือง ๆ กระทั่งมหาวิทยาลัยได้ปรับปรุงพื้นที่ ในการก่อสร้างนั้นอาจไม่ได้มีการอัญเชิญสิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่เหลืออยู่ออกจากสถานที่เดิมของท่านอย่างถูกต้อง ทำให้สิ่งศักดิ์สิทธิ์เหล่านั้นไม่มีที่สถิตอยู่ และดลบันดาลให้เกิดอุปัทวเหตุขึ้นต่าง ๆ นานา จึงเป็นมูลเหตุให้เกิดการตั้งศาลพระภูมิหลังนี้ขึ้น เพื่ออัญเชิญสิ่งศักดิ์สิทธิ์เดิมทั้งปวงให้มาสถิตอยู่ที่ศาลหลังนี้ ให้ทั้งคนในพื้นที่และนักศึกษา อาจารย์ และบุคลากรของมหาวิทยาลัยได้เคารพสักการะอย่างเหมาะสม เพื่อความเป็นสิริมงคลสืบไป