ในระยะแรกที่มหาวิทยาลัยมหิดลเข้ามาบุกเบิกและก่อสร้างอาคารต่าง ๆ ในพื้นที่ศาลายา มักปรากฎเหตุการณ์เหนือธรรมชาติ และเรื่องที่ไม่ค่อยเป็นมงคลขึ้นหลายครั้ง ทำให้เกิดการสูญเสียชีวิตและทรัพย์สินไปอย่างหาสาเหตุไม่ได้ เมื่อครั้ง ศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์อวย เกตุสิงห์ ได้ทราบเรื่องที่มีนักศึกษาถูกผีมาหลอกหลอนอยู่บ่อยครั้ง และมีผีเข้าสิงนักศึกษาที่หอพักด้วย ประกอบกับในขณะนั้นยังไม่มีสิ่งศักดิ์สิทธิ์สำหรับสักการะและบำรุงจิตใจของนักศึกษา ในวันที่ 28 มิถุนายน 2531 ท่านจึงได้มอบพระพุทธรูปหินทราย ปางมารวิชัย ขนาดหน้าตัก 1.30 เมตร สูง 1.85 เมตร ประดิษฐานไว้หน้าหอ 3 – 4 เพื่อเป็นศูนย์รวมจิตใจและประฏิบัติศาสนกิจของนักศึกษา อาจารย์ และบุคลากร ในช่วงแรกที่ยังไม่มีการตั้งชื่อพระพุทธรูปนั้น ได้มีการออกนามพระพุทธรูปองค์นี้อย่างลำลองว่า “หลวงพ่ออวย” ตามนามของอ.อวยผู้มอบพระพุทธรูปให้ หลังจากนั้น พระเทพเวที (ป. อ. ปยุตฺโต) ซึ่งปัจจุบันดำรงสมณศักดิ์ที่สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ ได้เมตตาตั้งชื่อพระพุทธรูปองค์นี้ว่า “พระพุทธมหิดลมงคลวรญาณ” ต่อมาในปี พ.ศ. 2546 มหาวิทยาลัยได้สร้างศาลาแบบไทยประยุกต์เพื่อประดิษฐานพระพุทธรูปดังที่เห็นในปัจจุบัน

ต่อมาเมื่อศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์พูนพิศ อมาตยกุล ได้มาปฏิบัติหน้าที่ในพื้นที่ศาลายา ก็ได้ประสบกับเรื่องลี้ลับหลายครั้ง จึงได้ไปเรียนปรึกษาพระสงฆ์รูปหนึ่งที่อาจารย์หมอนับถือ ท่านได้สอนว่า “เมื่อย้ายไปทำงานที่ใด ประเพณีไทยต้องเซ่นไหว้พระภูมิเจ้าที่เสียก่อน เมื่อบอกกล่าวเล่าแจ้งแล้ว หากมีปัญหาจะได้ช่วยเหลือเรา และควรทำบุญกรวดน้ำอุทิศให้ท่านเป็นครั้งคราวด้วย” และท่านยังแนะนำให้เชิญพระบรมรูป ร.5 มาติดตั้งก่อน แล้วท่านจะเดินทางมายังศาลายาเพื่อทำพิธีให้ แต่หลังจากอาจารย์ท่านได้ติดตั้งพระบรมรูปที่เรือนไทยแล้ว ไม่นานนักพระสงฆ์รูปนั้นก็มรณะภาพไปเสียก่อนจะได้มาทำพิธีให้ อาจารย์หมอท่านก็เลยไม่ได้ติดตามเรื่องผีในศาลายาอีก จนกระทั่งท่านได้ข่าวว่ามีคนงานก่อสร้างไหลตายบ้าง โดนฟ้าผ่าตายบ้าง จึงได้คิดว่าน่าจะมี อะไรสักอย่าง ไม่ชอบมาพากล และคิดไปถึงเรื่องจิตวิญญาณในพื้นที่ศาลายาอีกหน

จากนั้นไม่นาน อาจารย์หมอได้พบกับผู้หญิงคนหนึ่ง ซึ่งเป็นร่างทรงที่สามารถสื่อสารกับวิญญาณได้ และได้ลองให้ติดต่อกับจิตวิญญาณในศาลายา เบื้องต้นได้ความว่าในพื้นที่นี้มีคนตายทับถมกันมาก แต่ไม่ค่อยมีคนทำบุญไปให้ เพราะคนรุ่นใหม่ส่วนใหญ่จะทำบุญอุทิศให้กับ พ่อแม่ ญาติพี่น้อง ครูอาจารย์ จิตวิญญาณเหล่านั้นเลยไม่ได้รับส่วนบุญด้วย อาจารย์หมอเลยเชิญให้หญิงร่างทรงคนดังกล่าวเข้ามาที่ศาลายา เพื่อติดต่อกับจิตวิญาณในพื้นที่ ก็ปรากฎเหตุต่าง ๆ ให้เป็นอุปสรรคขัดขวางการดำเนินการ เช่นรถยนต์ที่ใช้เดินทางเกิดเสียกลางทาง เป็นต้น แต่เมื่อร่างทรงได้อธิฐานว่าจะมาประกอบการดี เหตุการณ์จึงคลี่คลายไป และเมื่อเริ่มประกอบพิธีแล้ว ได้มีการสอบถามกับดวงวิญญาณผ่านร่างทรงได้ความว่า “ผู้คนที่เข้ามาในยุคนั้น ขาดความเคารพยำเกรงในสิ่งศักดิ์สิทธิ์” “ไม่มีการบวงสรวงบอกกล่าว” “ทำบุญแล้วก็ไม่มีการอุทิศส่วนกุศลให้เจ้าที่เจ้าทาง” “หากปล่อยให้วิญญาณเหล่านี้อดอยาก ไมได้รับกุศลแล้ว ท่านก็จะดลบันดาลให้เกิดเหตุให้มีผู้คนล้มตายในการก่อสร้างอาคารใหญ่ทุกครั้ง จะเกิดอุบัติเหตุนานาประการตามมา” แต่ถ้าจัดการตามที่ร่างทรงแจ้งจะแก้ไขได้ คือ

  1. ตั้งศาลให้เจ้าที่ และมีการสังเวยตามระเบียบ
  2. นิมนต์พระ 99 รูป ทำบุญใหญ่ แล้วกรวดน้ำให้เจ้าที่ ขอพรอย่าให้มีเหตุร้ายแรงในที่ดินนี้อีก
  3. สร้างศาลาหรือโบสถ์น้อย ๆ ตั้งพระพุทธรูป พระบรมรูป ร.5 ให้คนที่เข้าออกมหาวิทยาลัยได้เห็นเป็นนิตย์
  4. ในการสร้างอาคารแห่งใดก็ตาม ต้องบอกเจ้าที่ก่อนทุกครั้ง
  5. การบูชาเจ้าที่ให้ใช้ หมาก พลู บุหรี่ เหล้าขาว ไก่สุก หมูนอนตอง กล้วยหวีงาม มะพร้าวอ่อน ยำอะไรก็ได้หนึ่งอย่าง จุดธูปบูชาเพียงดอกเดียว ของที่ท่านชอบคือดอกไม้ พวงมาลัย สีม่วง และที่ชอบมากคือการขี่ควาย

และท่านได้บอกนามของท่านว่า “เจ้าพ่อขุนทุ่ง” โดยมีลักษณะตามคำบอกเล่าของร่างทรงคือ เป็นชายร่างใหญ่ หวีผมแสกกลางท่าทางนักเลง นุ่งโสร่งตาหมากรุก ใส่เสื้อคอกลมไว้หนวด ดังที่ปรากฎเป็นรูปปั้นที่เราเห็นในศาลหลังปัจุบัน ก็ถูกปั้นตามคำบอกเล่านี้ โดยอาจารย์ผดุงศักดิ์ ศิลากรณ์ จากโรงเรียนเวชนิทัศน์ ศิริราช เป็นผู้ปั้น และมีการอัญเชิญไปประดิษฐาน ณ ศาลเจ้าขุนทุ่ง ในวันที่ 12 พฤศจิกายน พ.ศ. 2534 เมื่อเสร็จสิ้นพิธีแล้วเจ้าพ่อขุนทุ่งได้บอกผ่านร่างทรงว่า “…ชอบถูกใจกูดี …รูปที่เอ็งปั้นมานี้ เหมือนตัวกูมากเลย …”

เมื่อได้กระทำพิธีตั้งศาลเจ้าขุนทุ่งแล้ว ได้มีการกำหนดสถานที่ตั้งโบสถ์น้อยที่สนามหญ้าหน้าสถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน และเมื่อสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงทราบความเป็นมาเป็นไปในมหาวิทยาลัยมหิดลศาลายาในขณะนั้นแล้ว จึงทรงพระกรุณาพระราชทานพระพุทธรูปส่วนพระองค์ นามว่า “พระพุทธมหาลาภ” ให้เป็นพระพุทธรูปประจำมหาวิทยาลัย เพื่อให้เป็นสวัสดิมงคล บังเกิดความเจริญสถาพรแก่มหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา ปัจจุบันประดิษฐานอยู่ที่อาคารสำนักงานอธิการบดี

เป็นที่น่าสังเกตว่า เมื่อได้กระทำตามที่ “เจ้าพ่อขุนทุ่ง” บอกแล้ว เหตุการณ์ผิดปกติต่างๆ ได้ทุเลาเบาบางลงไป ทั้งมหาวิทยาลัยก้เจริญรุ่งเรืองขึ้นตามลำดับ ขาดแต่เพียงประการเดียวที่ยังไม่ได้ปฏิบัติ คือ

“ยังมิได้มีการสร้างโบสถ์น้อยเพื่อประดิษฐานพระพุทธรูปหรือพระบรมรูปให้คนได้เห็นกัน”

กระทั่งปี พ.ศ. 2563 ในวโรกาสที่สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงเจริญพระชนมายุครบ 65 พรรษา มหาวิทยาลัยมหิดลจึงได้ขอพระราชทานพระราชานุญาตสร้างพระพุทธรูปและหอพระ เพื่อถวายเป็นพระราชกุศล และยังทรงพระกรุณาพระราชทานนามพระว่า “พระพุทธมหิดลมงคลปัญญาญาณ” และหอพระนามว่า “หอพระพุทธมหาสิริพีรยพัฒน์” ซึ่งนาม “พระพุทธมหิดลมงคลปัญญาญาณ” ได้พระราชทานคำแปลไว้ว่า “พระพุทธรูปที่นำมาซึ่งปัญญาหยั่งรู้อันกระจ่างแจ้งและเป็นมงคลแห่งมหาวิทยาลัยมหิดล” โดยหอพระดังกล่าวกำลังก่อสร้างอยู่ ณ สนามหญ้าหน้าสถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน ซึ่งเป็นบริเวณที่เคยกำหนดไว้สำหรับสร้างโบสถ์น้อย ตามความต้องการของสิ่งศักดิ์สิทธิ์ด้วยพอดี

และยังมีอีกสถานที่หนึ่งคือ ศาลพระภูมิ บริเวณเรือนไทยมหิดล (อาคารระเบียบ คุณะเกษม) สถาบันวิจัยภาษาและวัฒนธรรมเอเชีย เป็นศาลที่ตั้งขึ้นมาในระยะเดียวกับศาลพ่อขุนทุ่ง เนื่องด้วยบริเวณของมหาวิทยาลัยมหิดลศาลายาแต่เก่าก่อนนั้นเป็นที่นา และมีชุมชนของผู้ที่มาทำนาอาศัยอยู่ แต่ละครอบครัวก็มีศาลพระภูมิเจ้าที่ เทวดาอารักษ์ต่าง ๆ เป็นที่ยึดเหนี่ยวจิตใจของครอบครัว 

เมื่อมหาวิทยาลัยได้เข้ามาใช้ประโยชน์ในพื้นที่นี้ ทำให้ชาวบ้านต้องย้ายถิ่นฐานออกไปพร้อมกับถอดศาลและสิ่งศักดิ์สิทธิ์ไปด้วย แต่ก็ยังมีชาวบ้านบางส่วนที่ยังยึดมั่นศรัทธาในสิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่ครอบครัวตนนับถือมาแต่เก่าก่อน ได้เข้ามาสักการะสิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่นับถือในพื้นที่เดิมอยู่เนือง ๆ กระทั่งมหาวิทยาลัยได้ปรับปรุงพื้นที่ ในการก่อสร้างนั้นอาจไม่ได้มีการอัญเชิญสิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่เหลืออยู่ออกจากสถานที่เดิมของท่านอย่างถูกต้อง ทำให้สิ่งศักดิ์สิทธิ์เหล่านั้นไม่มีที่สถิตอยู่ และดลบันดาลให้เกิดอุปัทวเหตุขึ้นต่าง ๆ นานา จึงเป็นมูลเหตุให้เกิดการตั้งศาลพระภูมิหลังนี้ขึ้น เพื่ออัญเชิญสิ่งศักดิ์สิทธิ์เดิมทั้งปวงให้มาสถิตอยู่ที่ศาลหลังนี้ ให้ทั้งคนในพื้นที่และนักศึกษา อาจารย์ และบุคลากรของมหาวิทยาลัยได้เคารพสักการะอย่างเหมาะสม เพื่อความเป็นสิริมงคลสืบไป